①　水産資源の維持・増殖・管理
小佐々、鹿町、田平地区の漁業者は、公的支援事業を継続活用し、藻類食害動物駆除作業、母藻投入等により藻場回復を図る。また、上記事業とあわせて市の支援事業を活用し、根付資源であるカサゴ種苗等の種苗放流を継続し資源回復を図る。
また、水産資源の管理については、漁協のほか地域各支部や漁業種類毎の部会で管理計画の作成や取決めを行い、水産資源の枯渇することなく永続的に利用できるよう継続して努める。
②　まき網漁獲物の鮮度保持等による単価の向上
まき網漁業の鮮魚は船倉内の冷水循環と表層への氷追加散布に努め鮮度維持を図る。煮干し原料は、現状の氷と原魚の比率を継続し原魚と氷水を均等に混ぜる撹拌作業を行い、鮮度を保ち高鮮度の原料を供給することで良質な煮干しを製造し単価向上に継続して努める。
漁協は、製氷施設の適正な管理運営を行い、安定的な氷の供給に努める。
③　トラフグ養殖の経営安定化、販売力向上
「九十九島とらふぐ」を生産する適正養殖業者の認定を受けた養殖業者と漁協は、ブランド化を更に推進するため県市の支援事業を活用し、安心で安全なトラフグの生産に継続して努める。合わせて、佐世保市水産センターが生産するカワハギ等の春生産種苗を養殖現場に導入し、早期出荷によってトラフグ等の出荷時期の重複を避け、魚体状況の変化に即時対応可能な時間を確保し健康な魚を育成し歩留まり率向上を図る。
更に、九十九島とらふぐや煮干し、カワハギ、サバ等、九十九島漁業協同組合が取り扱う鮮魚や地域水産物を活用した加工品の開発を行い、都市圏等で開催される商談会等やPR活動に積極的に取り組み、市内外への認知度向上と販路開拓を継続して取り組み、取引先の情報交換と新規の取引先確保に努める。
④　意欲ある漁業経営体に対する機器整備等に対する支援
県市の支援事業を活用し、意欲ある漁業者を対象に経営計画の作成を推進し、漁業所得向上のために必要な機器導入に対する支援を行う。
あわせて、将来の地域漁業を担う中核的漁業者の育成に継続して努める。
⑤　漁業従事者の確保・育成
当組合の主力産業であるまき網漁業と煮干し加工業の人手不足は顕著で、水揚げ及び販売額の減少にも繋がっている。このことから、外国人特定技能者及び技能実習生の受入れ等を推進し従事者の確保を図る。
また、沿岸漁業従事者についても減少が著しいことから、県市の支援事業を活用しUJIターンによる新規就業者の確保に努める。
⑥　共同利用施設の適正管理・整備
漁協は、販路拡大に伴う需要に対応すべくHACCP対応の新規加工場の整備を検討する。
また、漁協は組合員が漁獲する煮干原料の長期保管等を推奨し組合員の要望に応える。長崎県漁連は、鮮度保持施設の冷却能力を維持管理するため大型冷蔵庫の改修を行い効率的な施設運営を図り漁業者の対応に努める。　

①漁業人材育成確保
若手漁業者の育成を推進するための漁協青年部及び漁業士の活動を支援する。
②　魚食復旧の推進
漁協青壮年部を中心に小中学校で藻場及び魚食の重要性の理解を醸成するための出前授業を推進するとともに、学校給食のメニューに地元水産物を積極的に推進し魚食普及を図る。